Los objetivos y acciones del Programa Anual de Trabajo además de estar alineados a la Ley del Sistema Anticorrupción del Estado de Chiapas contribuyen a los objetivos de la Agenda 2030 para el Desarrollo Sostenible de la Organización de las Naciones Unidas (ONU). Se destaca específicamente su alineación en el Objetivo 16, (Paz, Justicia e Instituciones Sólidas) que exige que los Estados, "promuevan sociedades pacíficas e inclusivas para el desarrollo sostenible, proporcionen acceso a la justicia para todos y creen instituciones eficaces, responsables e inclusivas a todos los niveles, mediante la reducción de las corrientes financieras ilícitas, el fortalecimiento de la recuperación y la devolución de activos robados, la reducción sustancial del soborno y la corrupción.
Asimismo, el Programa Anual de Trabajo se aliena al Eje 1, Gobierno Eficaz y Honesto, del Plan Estatal de Desarrollo Chiapas 2019-2024, en el que se busca que el ejercicio del gasto público se realice bajo los principios de legalidad, eficiencia, eficacia, austeridad, transparencia y honestidad. En particular el Tema 1.2, Austeridad y combate a la corrupción con cuatro Políticas Públicas (Finanzas públicas responsables y austeras; Gestión pública transparente; Cultura del servicio público con integridad y responsabilidad social y Participación ciudadana en la vigilancia y control de los recursos públicos) que buscan garantizar el manejo responsable de las finanzas y el uso eficiente, honesto, austero y transparente de los recursos públicos que permitan eliminar toda forma de corrupción para orientarlos hacia el desarrollo social.